質粒小量提取試劑盒在使用過程中可能會遇到一些常見故障,以下是一些常見故障及相應的解決方法:
一、細菌沉積在管底,難以懸浮
現(xiàn)象描述:
在離心后,細菌沉積在管底,難以通過旋渦振蕩充分懸浮。
解決方法:
1.如果要收集超過一定量(如5ml)的細菌培養(yǎng)物,離心后可能難以懸浮,此時可嘗試用移液器吸頭吹打菌體沉淀,以懸浮細菌。
2.可以考慮降低離心速度,延長離心時間,例如改為3000rpm離心5分鐘收集菌體。
二、溶液過于粘稠或未呈現(xiàn)預期狀態(tài)
現(xiàn)象描述:
1.加入Buffer II后,溶液變得非常粘稠,無法流動。
2.加入Buffer II后,溶液未呈現(xiàn)粘稠的半透明狀,而是維持細菌在Buffer I中的渾濁狀,無粘滯感。
解決方法:
1.對于第一種情況,通常是因為細菌用量過多,請適當減少細菌用量。
2.對于第二種情況,可能是細菌培養(yǎng)物中污染有大量的真菌,或者革蘭氏陽性細菌等不能被Buffer II所溶解的微生物。應確保從新鮮制備的含抗生素的平板中挑取單克隆菌落接種培養(yǎng),而非用甘油菌接種。

三、沉淀不能沉積到管底
現(xiàn)象描述:
離心后沉淀不能沉積到管底,呈膨脹物的形式懸浮在液體中。
解決方法:
這通常是由于加入Buffer N8(或類似試劑)后未充分中和所致。請翻轉離心管若干次(如10次)后再次離心。
四、質粒DNA上樣電泳異常
現(xiàn)象描述:
質粒DNA上樣電泳時,加入上樣孔的DNA溶液不能下沉,而是上浮飄散開來。
解決方法:
這通常是因為高速空離步驟沒有操作,導致洗脫的質粒中乙醇含量過多。在洗脫后應確保進行高速空離步驟,以去除殘留的乙醇。
五、其他常見問題及解決方法
1.質粒得率較低:
大腸桿菌老化:涂布平板培養(yǎng)后,重新挑選新菌落進行液體培養(yǎng)。
質粒拷貝數低:由于使用低拷貝數載體引起的質粒DNA提取量低,可更換具有相同功能的高拷貝數載體。
菌體中無質粒:有些質粒本身不能在某些菌種中穩(wěn)定存在,經多次轉接后有可能造成質粒丟失。例如,柯斯質粒在大腸桿菌中長期保存不穩(wěn)定,因此不要頻繁轉接,每次接種時應接種單菌落。
堿裂解不充分:使用過多菌體培養(yǎng)液會導致菌體裂解不充分,可減少菌體用量或增加溶液的用量。
溶液使用不當:如溶液2和3在溫度較低時可能出現(xiàn)渾濁,應置于適當溫度(如37℃或42℃)保溫片刻直至溶解為清亮的溶液后再使用。
吸附柱過載:不同產品中吸附柱吸附能力不同,如果需要提取的質粒量很大,請分多次提取。
質粒未全部溶解(尤其質粒較大時):洗脫溶解質粒時,可適當加溫或延長溶解時間。
洗脫體積太小或洗脫時間過短:隨著洗脫體積的增大回收率增高,但產品濃度降低。為了得到較高的回收率可以增大洗脫體積;洗脫時間對回收率也會有一定影響,洗脫時放置一段時間(如1分鐘)可達到較好的效果。
2.細菌離心加入溶液I后菌體狀態(tài)異常:
菌體呈絮狀不均勻或呈細砂狀:可能是細菌發(fā)生溶菌,可減少培養(yǎng)時間或者試試平板培養(yǎng),質粒提取前用PBS將菌落洗下。相較來說,固體培養(yǎng)基上細菌生長的要好一些。
菌液不宜生長太濃,搖床速度不宜過高,達到OD600 1.5左右即可。
質粒小量提取試劑盒在使用過程中可能會遇到多種常見故障,但大多數問題都可以通過仔細閱讀說明書、規(guī)范操作步驟以及采取適當的解決方法來避免或解決。如果問題依然存在,建議聯(lián)系試劑盒的生產商或相關技術支持團隊尋求幫助。